一群克隆人被关在一个地方，从小就被外界灌输一些危险的信息。那是什么电影？

主角林肯6-E(伊万·麦格雷戈饰演)和数百名伙伴生活在一个类似乌托邦的地下社会，周围是先进的精密仪器、有序的生活节奏和高效智能的防御系统。根据基地科学家的描述，在他们头上，整个星球已经被核战争彻底污染，没有任何生物可以在那里生存。

基地的所有居民都期待着一次抽签的机会，幸运者将被送往最后一个未被污染的地方，一个被称为‘小岛’的天堂。由于基地经理的疏忽，一只来自外界的飞蛾飞进了这座长期封闭的地下城，它的出现让林肯6-E起了疑心，因为据基地经理说，所有的生物都在核战争中灭绝了。

林肯震惊地发现，他其实是“神秘岛”居民的克隆体，他的存在只是为了给他的“原型”提供各种替换的身体部位。最后是克隆人逃出牢笼寻求真相的故事。